دکتر یوسف ثبوتی در اول شهریور ماه ۱۳۱۱ در خانواده ای فرهنگی در شهر زنجان به دنیا آمد
وی پس از اتمام تحصیلات مقدماتی خود در زادگاهش در سال ۱۳۲۹ به طور همزمان در دو رشته کشاورزی و فیزیک دانشگاه تهران پذیرفته شد که به دلیل علاقه وافر به فیزیک، این رشته را برای ادامه تحصیل انتخاب کرد.
ثبوتی در دوران دانشگاه با توفان های سیاسی شدید سال های ۱۳۲۹ تا ۱۳۳۳ همراه بود. وی پس از پایان تحصیلاتش در آزمون نقشه برداری قبول شد و به صورت رایگان به یاری دکتر حسین کشی افشار شتافت و پس از چندی با معرفی وی به دانشگاه «تورنتو» کانادا عزیمت کرد و موفق شد که درجه کارشناسی ارشد را از آن دانشگاه دریافت کند.
ثبوتی پس از آن به دانشگاه «شیکاگو» راه یافت و به تحصیل اختر فیزیک نزد استادان صاحب نامی هم چون سوبر امانیان، چاندراسکار، چمبرلن پرداخت. او در سال ۱۳۴۲ مدرک دکتری تخصصی خود را در این رشته دریافت کرد و برای تدریس با سمت استادیاری رهسپار دانشگاه «نیوکاسل» در انگلستان شد.
دکتر ثبوتی پس از مدتی به ایران بازگشت و چندی بعد با سمت دانشیاری در دانشگاه شیراز به کار مشغول شد.
فعالیت وی در دانشگاه شیراز سرآغاز تحولات جدیدی در دستگاه آموزش عالی ایران بود. نظام ترمی واحدی کنونی از دستاوردهای دکتر ثبوتی برای نظام آموزشی کشور است.
وی، هم چنین طرح ارتقای اعضای هیات علمی بر مبنای پژوهش های آنان را پیشنهاد داد و آن را در دانشگاه شیراز اجرا کرد. پایه گذاری دوره های کارشناسی ارشد در آن دانشگاه از جمله دیگر خدمات استاد در دوران فعالیت در دانشگاه شیراز می باشد.
دکتر ثبوتی در سال ۱۳۴۸ در یک فرصت مطالعاتی به دانشگاه «پنسیلوانیا» رفت و ضمن تحقیقات به تدریس در آن دانشگاه پرداخت. وی پس از مدتی به ایران بازگشت و علاوه بر تدریس در دانشگاه صنعتی شریف در سال ۱۳۵۱ طرح تاسیس رصدخانه ی ابوریحان بیرونی شیراز را ارائه داد. این رصدخانه که در سال ۱۳۵۶ افتتاح شد، بزگترین رصدخانه ی فعال ایران می باشد.
استاد پس از آن، دوره دکتری نجوم در دانشگاه را بنیان گذاشت و زمینه تحصیلات عالیه علاقه مندان اختر فیزیک را در دانشگاه شیراز فراهم کرد.
دکتر ثبوتی با پی گیری های فراوان، مرکز تحصیلات تکمیلی در علوم پایه زنجان را در سال ۱۳۷۰ تاسیس کرد.
هم چنین در ایجاد انجمن نجوم ایران در سال ۱۳۷۵ که با تلاش چند اخترشناس حرفه ای ایران محقق شد، نقش مهمی برعهده داشت.
از استاد ثبوتی بیش از ۵۰ مقاله پژوهشی در مجلات علمی بین المللی منتشر شده است. این پژوهشگر خستگی ناپذیر در عرصه فیزیک و نجوم علاوه بر دریافت عنوان کتاب سال جمهوری اسلامی و مدال پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، در سال ۲۰۰۰ میلادی به دلیل فعالیت های مستمر علمی به دریافت مدال ویژه آکادمی علوم جهان سوم مفتخر شده است.
انجمن فیزیک ایران در شهریور ماه ۱۳۸۱ هفتادمین سال موجودیت خود را همزمان با هفتادمین سالگرد تولد استاد ثبوتی در کنفرانس سالانه ی فیزیک ایران جشن گرفت. این برنامه به احترام این همراه خستگی ناپذیر سال های فیزیک ایران، کنفرانس ثبوتی نامگذاری و با حضور بیش از ۸۰۰ تن از استادان و دانشجویان فیزیک ایران با شکوه خاصی در دانشگاه زنجان برگزار شد.